โรงเรียนนูรุดดินเป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามตั้งขึ้นเมื่อวันที่….11  เมษายน  2499      โดยมี  โต๊ะครูหะยีนอ  สะอิ  เป็นผู้รับใบอนุญาต  เดิมตั้งอยู่หมู่ที่ 6  โดยเปิดทำการสอนเฉพาะวิชาศาสนา
อิสลามอย่างเดียว
          ปี พ.ศ. 2509  โรงเรียนนูรุดดิน เดิมเป็นโรงเรียนปอเนาะและ”ด้เปลี่ยนสภาพเป็นโรงรียนราษฎร์สอนสาสนาอิสลาม โดยมีนายอับดุลลาเต๊ะ  เจ๊ะมามะ  เป็นผู้จัดการและนาซียะห์  หะยีนอ เป็นครูใหญ่ โดยจัดการเรียนการสอนวิชาสามัญควบคู่วิชาศาสนา และในปีนี้เองทางรัฐบาลได้ส่งนายอับดุลเล๊าะ 
 บินกูโน  ซึ่งเป็นครูสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกามาช่วยสอนวิชาสามัญ หลักสูตรการศึกษา
ผู้ใหญ่แบบเบ็ดเสร็จระดับ 1 – 3
          ปี พ.ศ.  2521  นายอับดุลลาเต๊ะ  เจ๊ะมามะ  ได้ลาออกจากหน้าที่ผู้จัดการ  ทางโรงเรียนได้แต่งตั้ง นายอับดุลฮาลีม  หะยีนอ  เป็นผู้จัดการแทน  และทางรัฐบาลได้ส่งครูมาปฏิบัติงานอีกหนึ่งราย คือ
นายอนันต์  สุหลง  มาช่วยสอนวิชาสามัญ
           ปี พ.ศ.  2522  โรงเรียนได้หยุดกิจการชั่วคราวเพราะไม่มีนักเรียนเข้าเรียน
          ปี พ.ศ.  2524  นางนาซียะห์  หะยีนอ  ได้ลาออกจากหน้าที่การเป็นครูใหญ่  ทางโรงเรียน
ได้แต่งตั้งนางรัตติยา  เศะ  ขึ้นเป็นครูใหญ่แทน  และในปีนี้เอง  นายหะยีนอ  สะอิ ได้ล้มป่วย
ไม่สามารถที่จะบริหารโรงเรียนต่อไปได้ นายอับดุลฮาลีม  หะยีนอ  ขึ้นทำหน้าที่แทน
         ปี พ.ศ. 2525  โรงเรียนได้สูญเสียนายหะยีนอ  สะอิ  นายอับดุลฮาลีม  หะยีนอ  ทำหน้าที่แทน
ต่อโดยมีนางรัตติยา  เศะ  เป็นผู้ช่วย
        ปี พ.ศ.  2526  โรงเรียนนูรุดินได้ย้ายจากสถานที่เดิมมาตั้งที่หมู่บ้านปอเยาะ  อำเภอตากใบ 
จังหวัดนราธิวาส   โดยมีนายนิโซ๊ะ  หลงเน๊าะ  เป็นผู้รับใบอนุญาต
         ปี พ.ศ. 2531  โรงเรียนได้เปลียนหลักสูตรวิชาสามัญจากหลักสูตรการศึกษาผู้ใหญ่แบบเบ็ดเสร็จ มาเป็นหลักสูตรการศึกษานอกโรงเรียน
         ปี พ.ศ. 2538  โรงเรียนได้รับอนุญาตเปลี่ยนแปลงหลักสูตรวิชาการศึกษานอกโรงเรียนเป็น
หลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น มาตรา 15 ( 2 )  พุทธศักราช  2521
        ปี พ.ศ. ปี พ.ศ. 2531  โรงเรียนได้เปลียนหลักสูตรวิชาสามัญจากหลักสูตรการศึกษาผู้ใหญ่แบบ
เบ็ดเสร็จ มาเป็นหลักสูตรการศึกษานอกโรงเรียน
         ปี พ.ศ. 2539  นางรัตติยา  เศะ ได้ลาออกจากตำแหน่งครูใหญ่และได้แต่งตั้ง นายวิเชษฐ์ 
หะยีดาโอ๊ะ  เป็นครูใหญ่แทน
        ปี พ.ศ. 2540  นายนิโซ๊ะ  หลงเน๊าะ  ผู้รับใบอนุญาตถึงแก่กรรม  ทางโรงเรียนได้แต่งตั้ง
นายอำเยาะห์  บินแวอาแซ เป็นผู้รับใบอนุญาตแทนและได้เปลี่ยนแปลงโรงเรียนจากโรงเรียน
มาตรา 15 ( 2 ) เป็นโรงเรียนมาตรา 15 ( 1 )
         ปี พ.ศ. 2542  โรงเรียนได้รับอนุญาตขยายหักสูตรโดยเปิดการเรียนการสอนวิชาสามัญชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย
         ปี พ.ศ. 2545  โรงเรียนได้รับอนุญาตตั้งมูลนิธินูรุดดิน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้การบริหารกิจการอยู่ในรูปแบบนิติบุคคล โดยมีนาย ดิง  อายา  เป็นประธานมูลนิธิ  และได้รับการช่วยเหลือในการ
ปรับปรุงพัฒนาอาคารเรียน  3  ชั้น  พร้อมทั้งสร้างอาคารห้องสมุดจากมูลนิธิสุทธาสินี
        ปี พ.ศ. 2547  โรงเรียนได้รับความอนุเคราะห์สื่อการเรียนการสอนทางไกลผ่านดาวเทียม
จากมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ในพระบรมราชูปถัมถ์